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重要更新:医疗保健设施
为了应对COVID-19免疫接种,CDC更新了有效运行医疗保健系统的选择方法。了解更多
更新
根据B.1.617.2 (Delta) 变种病毒的新证据,CDC更新了全剂量接种疫苗人群指导方针。CDC建议所有教师、工作人员、学生和K-12学校的访客,无论疫苗接种状况如何,均应在室内普遍佩戴口罩。孩子们应在秋季恢复全日制实地校园学习,并采取分层预防策略。
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白宫宣布,从2021年11月8日起,进入美国的国际旅行者必须接种疫苗。要进入美国,接种的疫苗必须是FDA批准或授权以及列入WHO紧急使用清单的疫苗。点击此处获取更多信息。
更新
自2021年11月8日开始,进入美国的旅行要求将会改变。点击此处获取更多信息。

SARS-CoV-2变种分类的定义

SARS-CoV-2变种分类的定义

类似SARS-CoV-2的病毒会在基因组复制过程中随着遗传密码的变化(由基因突变或病毒重组引起)而不断进化。谱系是源自同一共同祖先的一组遗传上密切相关的病毒变种。一个变种具有一个或多个可使其区别于SARS-CoV-2病毒其他变种的突变。重组变种是由两个不同变种的遗传物质组合而成的变种。正如预期,在整个全球流行病期间,美国全球各国已记录了多个SARS-CoV-2变种。为了给当地疫情爆发调查提供信息并了解国家趋势,科​​学家比较了病毒之间的遗传差异,以确定变种(包括重组变种)以及不同变种之间的关系。

重要定义

  • 突变:突变是指病毒基因组(遗传密码)的单一变化。突变时常发生,但只在有些时候会改变病毒的特征。
  • 重组:在病毒复制过程中,两个SARS-CoV-2变种(同时感染一个人)的基因组结合,形成一个不同于所属的两个父谱系的新变种的过程。
  • 谱系:谱系是一组具有共同祖先的密切相关的病毒。SARS-CoV-2有很多谱系;所有谱系均会导致COVID-19。
  • 变种:变种是可能包含一个或多个突变的病毒基因组(遗传密码)。在某些情况下,公共卫生组织可能根据变种的共同属性和特征以及可能需要采取的公共卫生行动,将一组具有相似遗传变化的变种(如一个谱系或一组谱系)确定为监测变种 (VBM)关切变种 (VOC)存疑变种 (VOI)

要点

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若要通过电子邮件获取变种分类或定义更改的最新信息,请输入您的电子邮件地址:

  • 自COVID-19疫情开始以来,SARS-CoV-2的遗传谱系不断出现并在世界各地传播。
  • 美国的SARS-CoV-2遗传谱系通过流行病学调查、基于病毒基因序列的监测和实验室研究进行常规监测。
  • 2021年11月30日,美国政府SARS-CoV-2跨部门小组将奥密克戎变种列为关切变种(VOC)。这一分类基于以下几点因素:
    • 多个国家均发现由奥密克戎引起的病例,包括无旅行史的病例。
    • 德尔塔变种在南非的传播和更替。
    • 刺突蛋白中替换的数量和位置。
    • 刺突蛋白中具有较少替换的其他变种的可用数据表明,疫苗接种者或康复期人群的血清中和作用降低。
    • 刺突蛋白中具有较少替换的其他变种的可用数据表明,对某些单克隆抗体治疗的易感性降低。
  • 2022年4月14日, 美国政府SARS-CoV-2 跨部门小组 (SIG) 将德尔塔从关切变种降级为监测变种。此次重新分类基于以下几点:
    • 该变种在国家和地区的比例随着时间的推移显著且持续减少。
    • 有证据表明,德尔塔目前不会对美国的公共卫生构成重大风险。
  • SIG变种分类方案定义了四类SARS-CoV-2变种:
    • 监测变种 (VBM)
      • 阿尔法(B.1.1.7和Q谱系)
      • 贝塔(B.1.351和后代谱系)
      • 伽马(P.1和后代谱系)
      • 德尔塔 (B.1.617.2和AY谱系)
      • 厄普西隆​​​​​​​ (B.1.427 and B.1.429)
      • 埃塔 (B.1.525)
      • 约塔 (B.1.526)
      • 卡帕 (B.1.617.1)
      • 1.617.3
      • 缪 (B.1.621, B.1.621.1)
      • 泽塔 (P.2)
    • 存疑变种 (VOI)
    • 关切变种 (VOC)
      • 奥密克戎(B.1.1.529、BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3、BA.4和BA.5谱系)
    • 严重后果变种(VOHC)
  • 迄今为止,在美国尚未发现具有严重后果的变种。
  • 美国批准并授权使用的疫苗对于在美国传播的主要变种是有效的,并且现已有有效的治疗方法。CDC将继续监测在美国境内传播的所有病毒变种。
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变种如何分类 

美国卫生及公共服务部(HHS)成立了一个SARS-CoV-2跨部门小组(SIG),以加强CDC、美国国家卫生研究所(NIH)、美国食品药品监督管理局(FDA)、生物医学高级研究与发展管理局(BARDA)和国防部(DoD)之间的工作协调。跨部门小组的主要工作是快速定性新发变种,并积极监测其对关键SARS-CoV-2应对策略(包括疫苗、治疗方法和诊断)的潜在影响。

SIG定期召开会议,评估在美国传播的SARS-CoV-2变种带来的风险,并就变种的分类提出建议。该评估由一组行业领域专家进行,他们评估可用数据,包括国家和地区层面的变种比例、突变群对医疗对策有效性的潜在或已知影响、疾病严重程度以及人际传播能力。鉴于SARS-CoV-2的不断演变,以及我们掌握的变种对公共健康的影响,我们可能根据变种属性及其美国的传播情况对变种进行重新分类。

注:每个变种分类都包含较低类别的可能属性(如VOC包含VOI的可能属性);变种状态可能根据新出现的科学证据而升级或降级。此页面将根据需要进行更新,表明属于每个类别的变种。 世界卫生组织(WHO)external icon还将变种病毒分类为关切变种和存疑变种;美国的分类可能与WHO的分类不同,因为变种的影响可能因地点而异。为了便于公众讨论变种,WHO建议使用由希腊字母(如德尔塔、贝塔、伽玛)组成的标签作为非科学受众讨论变种的实用方式。下表提供了指定给每个变种的标签。

监测变种 (VBM)

CDC监测在美国传播的所有变种。被指定为VBM的变种病毒包括有数据表明对批准或授权的医疗对策有潜在或明显影响的变种,或者与导致重病或增加传播有关但在美国不再检出或传播水平非常低的变种。这些变种不会对美国的公共卫生构成重大而紧迫的风险。

如果某个变种的国家和地区比例随着时间推移显著且持续减少,或者有其他证据表明某个变种不会对美国的公共卫生构成重大风险,则存疑变种或关切变种可能会降级到此列表。

这些变种将继续受到密切监测,以识别其比例的变化,同时也会不断分析新数据。如果有数据表明VBM需要更多关注,分类将根据SIG对变种属性和美国公共卫生风险的评估而有所改变。

监测变种
WHO标签  Pango谱系 指定日期
阿尔法 B.1.1.7和Q谱系 VOC:2020年12月29日 VBM:2021年9月21日
贝塔 B.1.351和后代谱系 VOC:2020年12月29日 VBM:2021年9月21日
伽玛 P.1和后代谱系 VOC:2020年12月29日 VBM:2021年9月21日
德尔塔 B.1.617.2和AY谱系 VOC:2021年6月15日 VBM:2022年4月14日
厄普西隆 B.1.427
B.1.429
VOC:2021年3月19日 VOI:2021年2月26日
VOI:2021年6月29日
VBM:2021年9月21日
埃塔 B.1.525 VOI:2021年2月26日 VBM:2021年9月21日
约塔 B.1.526 VOI:2021年2月26日 VBM:2021年9月21日
卡帕 B.1.617.1 VOI:2021年5月7日 VBM:2021年9月21日
不适用 B.1.617.3 VOI:2021年5月7日 VBM:2021年9月21日
泽塔 P.2 VOI:2021年2月26日 VBM:2021年9月21日
B.1.621B.1.621.1 VBM:2021年9月21日

存疑变种 (VOI)

带有特定遗传标记的变种与受体结合变化、既往感染或免疫接种所产生的抗体中和作用降低、治疗方法效力降低、潜在诊断影响或者传播性或疾病严重程度预计增加相关。

存疑变种的可能属性:

  • 特定遗传标记预计会影响传播、诊断、治疗方法或免疫逃逸。
  • 有证据表明它是导致病例比例增加或独特疫情集群的原因。
  • 在美国或其他国家流行或扩张有限。

存疑变种可能要求采取一项或多项相关的公共卫生措施,包括加强测序监测、加强实验室特征鉴定或流行病学调查,以评估病毒传播给他人的难易程度、疾病的严重程度、治疗方法的有效性以及目前已批准或授权的疫苗是否还能提供保护。

目前没有SARS-CoV-2变种被确定为VOI。

关切变种 (VOC)

有证据表明其传染性增加、疾病更严重(如住院治疗或死亡增加)、既往感染或免疫接种期间产生的抗体中和作用显著降低、治疗或疫苗有效性降低,或诊断检测失败的变种。

关切变种的可能属性:

除了存疑变种的可能属性以外

  • 对诊断、治疗和疫苗的影响的证据
    • 广泛干扰诊断检测靶点
    • 对一种或多种疗法的敏感性显著降低的证据
    • 表明既往感染或免疫接种产生的抗体中和作用显著降低的证据
    • 证据表明疫苗的重病保护效力降低
  • 证据表明传播性增加
  • 证据表明疾病严重程度增加

关切变种可能要求采取一种或多种相应的公共卫生措施,例如根据《国际卫生条例》通知WHO、报告CDC、地方或区域控制传播工作、增加检测,或研究确定疫苗和治疗方法抗击变种的有效性。根据变种特性,其他注意事项可能包括新诊断法的制定或者改变疫苗或治疗方法。 

以下列出了目前在美国受到密切监测和描述特性的关切变种。当发现新的关切变种后,该列表将予以更新。

选定SARS-CoV-2变种的特征

WHO标签: 奥密克戎

Pango谱系:B.1.1.529、BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3、BA.4和BA.5谱系Pango谱系external icona

刺突蛋白替换: A67V、del69-70、T95I、del142-144、Y145D、del211、L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F、K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F

Nextstrain分支 Nextstrainexternal iconb: 21K

首次发现:南非

属性

  • 可能增加传播性
  • 可能降低某些EUA单克隆抗体治疗的中和作用
  • 可能降低免疫接种后血清中和作用

WHO标签: 奥密克戎

Pango谱系:B.1.1.529、BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3、BA.4和BA.5谱系Pango谱系external icona

刺突蛋白替换: A67V、del69-70、T95I、del142-144、Y145D、del211、L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F、K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F

Nextstrain分支 Nextstrainexternal iconb: 21K

首次发现:南非

属性

  • 可能增加传播性
  • 可能降低某些EUA单克隆抗体治疗的中和作用
  • 可能降低免疫接种后血清中和作用

严重后果变种(VOHC)

VOHC即有明确证据表明与此前传播变种相关的预防措施或医疗对策(MCM)有效性显著降低的变种。

严重后果变种的可能属性:

除了关切变种的可能属性以外

  • 对医疗对策的影响
    • 证明诊断检测靶点失败
    • 有证据表明疫苗有效性显著降低,接种疫苗者感染人数过多,或对重症的疫苗诱导保护很低
    • 对多种EUA疗法或批准疗法的敏感性显著降低
    • 更多严重临床疾病且住院治疗增加

严重后果变种需要根据《国际卫生条例》向世界卫生组织(WHO)通报,向CDC报告,宣布预防或控制传播的战略,以及提出更新治疗方法和疫苗的建议。 

目前没有SARS-CoV-2变种被确定为VOHC。

SARS-CoV-2单克隆抗体疗法的关切替换

在美国,具有FDA紧急使用授权 (EUA) 的三种抗SARS-CoV-2单克隆抗体疗法可用于治疗COVID-19:巴姆拉尼单抗加伊特西韦单抗external icon卡西瑞单抗加伊德单抗external icon索曲韦单抗external icon

CDC的国家基因组监测计划确定新的和正在出现的SARS-CoV-2变种,以确定对美国批准或授权使用的COVID-19诊断、治疗或疫苗的影响。具有相似遗传变化的序列被分组为谱系,多个谱系可以具有相同的替换。例如,在 B.1.351、P.1、B.1.526和许多其他谱系中发现了E484K替代。基因组监测工作能够更快地检测对治疗的敏感性降低的病毒。 

尚未报告SARS-CoV-2对索曲韦单抗external icon卡西瑞单抗和伊德单抗external icon组合的敏感性降低。在实验室研究中,在刺突蛋白中包含某些替换的SARS-CoV-2变种降低了对巴姆拉尼单抗和伊特西韦单抗external icon组合的易受性。临床医生在寻求有关使用美国授权紧急使用的单克隆抗体产品治疗和预防SARS-CoV-2的建议时,应查阅NIH COVID-19治疗指导方针external icon

鉴于德尔塔变种在美国大量传播,要注意的是,绝大多数德尔塔变种谱系对巴姆拉尼单抗和伊特西韦单抗的组合很敏感。尽管德尔塔 变种包含L452R替换,但如FDA卫生保健提供者说明书external icon中所述,在大多数德尔塔变种中发现的L452R和T478K替换组合导致对巴姆拉尼单抗和伊特西韦单抗组合的易受性没有变化。 

下面的比例数据显示了SARS-CoV-2的国家和地区未加权比例,其中包含以下单个或组合刺突蛋白替换,这些替换降低了对FDA针对医疗服务提供者关于巴姆拉尼单抗和伊特西韦的EUA说明书external icon中列出的巴姆拉尼单抗和伊特西韦单抗组合的易受性。随着新数据的出现,下面可能会添加其他替换。以下提供的国家和地区比例将每周更新。 

  • L452R 
  • E484K 
  • L452R 和 E484Q 
  • K417N、E484K 和 N501Y 
  • K417T、E484K 和 N501Y 
  • K417N、L452R 和 T478K 
  • R346K、E484K 和 N501Y 

SARS-CoV-2替换治疗问题的未加权比例

L452R突刺蛋白替换
全国比例a: 93.8%

区域比例b

地区1
98.3%
地区2
94.4%
地区3
97.9%
地区4
94.3%
地区5
92.0%
地区6
91.7%
地区7
93.9%
地区8
96.3%
地区9
91.1%
地区10
96.3%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.617.2(德尔塔)  
AY.4(德尔塔)  
AY.3(德尔塔)  
AY.12(德尔塔)  
AY.3.1(德尔塔)  
AY.14(德尔塔)  
AY.20(德尔塔)  
AY.25(德尔塔)  
L452R突刺蛋白替换
全国比例a: 93.8%

区域比例b

地区1
98.3%
地区2
94.4%
地区3
97.9%
地区4
94.3%
地区5
92.0%
地区6
91.7%
地区7
93.9%
地区8
96.3%
地区9
91.1%
地区10
96.3%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.617.2(德尔塔)  
AY.4(德尔塔)  
AY.3(德尔塔)  
AY.12(德尔塔)  
AY.3.1(德尔塔)  
AY.14(德尔塔)  
AY.20(德尔塔)  
AY.25(德尔塔)  
E484K突刺蛋白替换
全国比例a: 0.3%

区域比例b

地区1
0.5%
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0.4%
地区3
0.2%
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0.2%
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0.2%
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0.2%
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0.1%
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0.2%
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0.4%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.621(缪)  
P.1(伽马)  
B.1.621.1(缪)  
P.1.7(伽马)  
P.1.4(伽马)  
P.1.10(伽马)  
B.1.617.2(德尔塔)  
B.1.626  
B.1.632  
E484K突刺蛋白替换
全国比例a: 0.3%

区域比例b

地区1
0.5%
地区2
0.4%
地区3
0.2%
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0.2%
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0.2%
地区6
0.2%
地区7
0.1%
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0.1%
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0.2%
地区10
0.4%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.621(缪)  
P.1(伽马)  
B.1.621.1(缪)  
P.1.7(伽马)  
P.1.4(伽马)  
P.1.10(伽马)  
B.1.617.2(德尔塔)  
B.1.626  
B.1.632  

K417N, E484K, N501Y突刺蛋白替换
全国比例a<0.3%

区域比例b

地区1
0.0%
地区2
0.0%
地区3
0.0%
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0.0%
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0.0%
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0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

B.1.621(缪)  

B.1.351(贝塔)

K417N, E484K, N501Y突刺蛋白替换
全国比例a<0.3%

区域比例b

地区1
0.0%
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0.0%
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0.0%
地区10
0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

B.1.621(缪)  

B.1.351(贝塔)

K417T, E484K, N501Y突刺蛋白替换
全国比例a: 0.1%

区域比例b

地区1
0.2%
地区2
0.0%
地区3
0.1%
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0.1%
地区5
0.1%
地区6
0.2%
地区7
0.1%
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0.1%
地区10
0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

P.1(伽马)  

P.1.10(伽马)  
P.1.2(伽马)  
P.1.4(伽马)  
P.1.7(伽马)  

K417T, E484K, N501Y突刺蛋白替换
全国比例a: 0.1%

区域比例b

地区1
0.2%
地区2
0.0%
地区3
0.1%
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0.1%
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0.1%
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0.2%
地区7
0.1%
地区8
0.0%
地区9
0.1%
地区10
0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

P.1(伽马)  

P.1.10(伽马)  
P.1.2(伽马)  
P.1.4(伽马)  
P.1.7(伽马)  

L452R、E484Q 刺突蛋白替换
全国比例a: 0.2%

区域比例b

地区1
0.2%
地区2
0.2%
地区3
0.1%
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0.1%
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0.1%
地区6
0.3%
地区7
0.0%
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0.1%
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0.2%
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0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

B.1.617.2(德尔塔)  
AY.4(德尔塔)  
AY.7.2(德尔塔)  

AY.25(德尔塔)  

AY.12(德尔塔)  

B.1.617.1(卡帕)  

AY.3(德尔塔)  

AY.20(德尔塔)  

L452R、E484Q 刺突蛋白替换
全国比例a: 0.2%

区域比例b

地区1
0.2%
地区2
0.2%
地区3
0.1%
地区4
0.1%
地区5
0.1%
地区6
0.3%
地区7
0.0%
地区8
0.1%
地区9
0.2%
地区10
0.1%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

B.1.617.2(德尔塔)  
AY.4(德尔塔)  
AY.7.2(德尔塔)  

AY.25(德尔塔)  

AY.12(德尔塔)  

B.1.617.1(卡帕)  

AY.3(德尔塔)  

AY.20(德尔塔)  

K417N、L452R、T478K突刺蛋白替换
全国比例a: 0.3%

区域比例b

地区1
0.1%
地区2
0.3%
地区3
0.1%
地区4
0.1%
地区5
0.1%
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0.0%
地区7
0.0%
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0.2%
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1.0%
地区10
0.3%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

AY.2(德尔塔)  
AY.1(德尔塔)  
B.1.617.2(德尔塔)  

AY.25 (Delta)

K417N、L452R、T478K突刺蛋白替换
全国比例a: 0.3%

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0.3%
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0.3%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c

AY.2(德尔塔)  
AY.1(德尔塔)  
B.1.617.2(德尔塔)  

AY.25 (Delta)

R346K、E484K、N501Y突刺蛋白替换
全国比例a: 0.1%

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具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.621(缪)  
B.1.621.1(缪)  

R346K、E484K、N501Y突刺蛋白替换
全国比例a: 0.1%

区域比例b

地区1
0.2%
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0.1%
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0.1%
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0.1%
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0.0%
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0.3%
具有突刺蛋白替换的Pango谱系c
B.1.621(缪)  
B.1.621.1(缪)  

参考资料