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SARS-CoV-2变种分类的定义

SARS-CoV-2变种分类的定义

要点:

  • 在COVID-19全球流行病期间,SARS-CoV-2新发了遗传变种并在全球流通。
  • 美国的病毒突变和变种正通过测序监测、实验室研究和流行病学调查进行常规监控。
  • 一个美国政府跨部门小组制定了变种分类计划,定义三类SARS-CoV-2变种:
  • 在美国国内流通的变种B.1.1.7、B.1.351、P.1, B.1.427和B.1.429被分类为关切变种

病毒不断通过突变改变。一个变种存在使其区别于流通中的其他变种的一种或多种突变。跟预计情况一样,在此次全球流行病期间,美国全球范围内已经记录到多个SARS-CoV-2变种。为了给地方疫情爆发调查提供信息并理解全国趋势,科学家们对比病毒之间的遗传差异以确认变种,并确定它们之间的关系如何。

变种分类

卫生与公共服务部(HHS)建立了一个SARS-CoV-2跨部门小组(SIG),以改善美国疾控中心(CDC)、全国卫生研究院(NIH)、美国食品药品监督管理局(FDA)、生物医学高级研发管理局(BARDA)和国防部(DoD)之间的工作协调。这个跨部门小组专注于新发变种的快速定性并积极监控其对关键ARS-CoV-2应对策略(包括疫苗、治疗方法和诊断)的潜在影响。

CDC与SIG合作制定了SARS-CoV-2变种分类计划。这些分类包括各个变种的定义和属性。由此所采取的公共卫生行动也在本页下方说明。

注:每类变种包括较低种类的可能属性;根据科学证据,变种状态可能升级或降级。本页将按需更新,以表明变种所属的每个种类。世界卫生组织(WHO)还将变种病毒分为关切变种和存疑变种;美国分类可能与WHO的分类不同,因为变种的严重性可能因地域而异。

查看美国的变种比例

存疑变种

带有特定遗传标记的变种与受体结合变化、既往感染或免疫接种所产生的抗体中和作用降低、治疗方法效力降低、潜在诊断影响或者传播性或疾病严重程度预计增加相关。

存疑变种的可能属性:

  • 特定遗传标记预计会影响传播、诊断、治疗方法或免疫逃逸
  • 证据表明这是部分病例增加或独特爆发集群的原因
  • 在美国或其他国家流行或扩张有限

存疑变种可能要求采取一种或多种相应的公共卫生措施,包括增强测序监测、增强实验室特征描述或流行病学调查,以评估病毒传播给他人的难易程度、疾病的严重程度、再感染风险以及当前已授权的疫苗是否提供保护。

美国当前的存疑变种正接受监控和定性,如下表所列。此表将在确认新的存疑变种时更新。

让人担忧的SARS-CoV-2变种统计特征
名称
(
Pango 谱系) 
替代 名称
(Nextstraina)
首次检测到 BEI参考菌株b

预计属性

B.1.526 刺突: (L5F*), T95I, D253G, (S477N*), (E484K*), D614G, (A701V*)
ORF1a: L3201P, T265I, Δ3675/3677
ORF1b: P314L, Q1011H
ORF3a: P42L, Q57H
ORF8: T11I
5’UTR: R81C
20C 纽约/2020年11月
  • 单克隆抗体治疗中和作用潜在降低
  • 康复期和免疫接种后血清中和作用潜在降低
B.1.525 刺突:A67V, Δ69/70, Δ144, E484K, D614G, Q677H, F888L
ORF1b: P314F
ORF1a: T2007I
M: I82T
N: A12G, T205I
5’UTR: R81C
20C 纽约/2020年12月
  • 单克隆抗体治疗中和作用潜在降低
  • 康复期和免疫接种后血清中和作用潜在降低
P.2 刺突:E484K, D614G, V1176F
ORF1a: L3468V, L3930F
ORF1b: P314L
N: A119S, R203K, G204R, M234I
5’UTR: R81C
20J 巴西/2020年4月
  • 单克隆抗体治疗中和作用潜在降低
  • 康复期和免疫接种后血清中和作用潜在降低

 

(*)=在某些而非全部序列中检测到
a – Nextstrainexternal icon
b - 生物防御和新发感染研究资源库(BEI资源库)是一个由NIAID注资的资源库,以为研究界提供试剂、工具和信息。此处提出的参考病毒促进了COVID-19全球流行病研究界中所有利益相关方信息的整合。请注意,表中提供的参考病毒基于当前通过BEI资源库的可获得性情况。

 这些变种共享一个特殊突变,称为D614G。这个突变是美国在全球流行病初期首先记录到的突变之一,其之前在欧洲流通[13]有证据表明存在此突变的变种传播速度比没有此突变的变种快 [12external icon]

关切变种

即有证据表明传播性增加、疾病更严重(住院治疗或死亡率增加)、既往感染或免疫接种所产生的抗体中和作用严重降低、治疗或疫苗效用降低或诊断检测失效的变种。

关切变种的可能属性:

除了存疑变种的可能属性以外

  • 证据表明对诊断、治疗和疫苗的影响
    • 广泛干扰诊断检测靶点
    • 证据表明对一种或多种治疗方法的抗性大幅增加
    • 证据表明既往感染或免疫接种产生的抗体中和作用大幅降低
    • 证据表明疫苗的重病保护效力降低
  • 证据表明传播性增加
  • 证据表明疾病严重程度增加

关切变种可能要求采取一种或多种相应的公共卫生措施,例如根据《国际卫生条例》通知WHO、报告CDC、地方或区域控制传播工作、增加检测,或研究确定疫苗和治疗方法抗击变种的有效性。根据变种特性,其他注意事项可能包括新诊断法的制定或者改变疫苗或治疗方法。

美国当前的关切变种正由联邦机构密切监控和定性,如下表所示。此表将在确认新的关切变种时更新。

让人担忧的SARS-CoV-2变种统计特征
名称
(Pango 谱系)
刺突蛋白质替代

名称
(Nextstraina)

首次检测到 BEI参考菌株b

已知属性

B.1.1.7 Δ69/70
Δ144Y
(E484K*)
(S494P*)
N501Y
A570D
D614G
P681H
20I/501Y.V1 英国 NR-54000external icon
  • ~传播性增加50% 5
  • 根据住院治疗和病例死亡率,严重性可能增加6
  • 最低限度影响EUA单克隆抗体疗法中和作用7, 14
  • 最低限度影响康复期和免疫接种后血清中和作用8,9,10,11,12,13,19

 

P.1 K417N/T
E484K
N501Y
D614G
20J/501Y.V3 日本/
巴西
NR-54982external icon
  • 中度影响EUA单克隆抗体疗法中和作用 7, 14
  • 降低康复期和免疫接种后血清中和作用15
B.1.351 K417N
E484K
N501Y
D614G
20H/501.V2 南非 NR-54009external icon
  • ~传播性增加50% 16
  •  中度影响EUA单克隆抗体疗法中和作用7, 14
  • 中度降低康复期和免疫接种后血清中和作用8,12,18,19,20
B.1.427 L452R
D614G
20C/S:452R 美国-加利福尼亚
  • ~传播性增加20% 21
  • 严重影响有些(而非全部)EUA疗法的中和作用
  • 中度降低使用康复期和免疫接种后血清的中和作用21
B.1.429 S13I
W152C
L452R
D614G
20C/S:452R 美国-加利福尼亚
  • ~传播性增加20% 21
  • 严重影响有些(而非全部)EUA疗法的中和作用
  • 中度降低使用康复期和免疫接种后血清的中和作用21

(*)=在某些而非全部序列中检测到
a – Nextstrainexternal icon
b - 生物防御和新发感染研究资源库(BEI资源库)是一个由NIAID注资的资源库,以为研究界提供试剂、工具和信息。此处提出的参考病毒促进了COVID-19全球流行病研究界中所有利益相关方信息的整合。请注意,表中提供的参考病毒基于当前通过BEI资源库的可获得性情况。

 这些变种共享一个特殊突变,称为D614G。这个突变是美国在全球流行病初期首先记录到的突变之一,其之前在欧洲流通[13] 有证据表明存在此突变的变种传播速度比没有此突变的变种快 [12external icon]

严重后果变种

 严重后果变种即有证据清楚表明与此前流通变种相关的预防措施或医疗应对策略(MCM)有效性严重降低。

严重后果变种的可能属性:

除了关切变种的可能属性以外

  • 对医疗应对策略(MCM)的影响
    • 证实诊断失效
    • 证据表明疫苗有效性严重降低、不成比例的大量疫苗突破病例,或疫苗对重病程度的保护非常低
    • 对多种应急使用授权(EUA)或批准疗法的易受性严重降低
    • 更多严重临床疾病且住院治疗增加

严重后果变种需要根据《国际卫生条例》向世界卫生组织(WHO)通报,向CDC报告,宣布预防或控制传播的战略,以及提出更新治疗方法和疫苗的建议。

当前没有SARS-CoV-2变种上升到严重后果等级。

参考资料

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*未经过同行评审